Je leest:

Zonder stamboom toch genen vinden

Zonder stamboom toch genen vinden

Auteur: | 12 september 2007

Restanten voorouder- DNA kunnen klinischgenetici van pas komen bij het opsporen van erfelijke ziekten.

Verschillende individuen delen grote stukken DNA van duizenden tot tienduizenden basenparen die 500 tot 1000 generaties lang onverstoord zijn overgeërfd. Deze zogenaamde haplotypes zijn niet veranderd of uit elkaar getrokken door mutaties en crossing overs (die bij meioses plaatsvinden).

Het ligt voor de hand dat twee individuen die nauw aan elkaar verwant zijn, ook grotere haplotypes met elkaar delen. Immers, zij staan minder meioses van elkaar af, en dus is het voorouder-DNA minder door elkaar gehusseld. Dankzij microarrays die honderdduizenden SNPs, éénletterige DNA-veranderingen, uitlezen, zijn haplotypes snel te herkennen. Een serie opeenvolgende SNPs die bij elkaar hoort en die identiek is tussen twee personen, staat waarschijnlijk voor een gedeeld haplotype.

Dit fenomeen is interessant voor klinisch- genetici, aldus dr. ir. Gerard te Meerman, universitair hoofddocent statistische genetica en bioinformatica aan de Rijksuniversiteit Groningen. Op een microarray-symposium, op 26 oktober georganiseerd door het Leidse bedrijf ServiceXS, legde Te Meerman uit dat gedeelde haplotypes kunnen staan voor gebieden die ziekte-relevante genen bevatten. Omdat haplotypes makkelijk in kaart te brengen zijn, is het zoeken naar gedeelde haplotypes een belangrijke ondersteuning geworden bij het opsporen van mendeliaanse erfelijke ziekten. De methode kan uitkomst bieden als het voor een klinisch-geneticus heel moeilijk is om een familie te vinden met meer dan tien personen, zoals nodig is bij klassieke linkage analysis. Soms kan hij volstaan met een analyse van 200.000 tot 500.000 SNPs van een kleiner aantal aangedane en gezonde individuen van verre verwanten uit een familie (een half miljoen SNPs passen tegenwoordig op één microarray). Als de aangedane personen een lange serie opeenvolgende SNPs delen die gezonde personen missen, dan speelt een gen op dat haplotype wellicht een rol in het ontstaan van de ziekte. Maar zeker is dat niet, en aanvullende sequencing om mutaties in de genen die op het haplotype zitten aan het licht te brengen, is zeker nodig.

De methode kent nog een duidelijke beperking, legt Te Meerman uit. ‘De grootte van het gedeelde haplotype bepaalt het nut van de analyse. Paradoxaal genoeg moet het niet te groot zijn. Dan is de overeenkomst tussen twee individuen wel heel duidelijk, maar is het veel moeilijker om genen op te sporen. Aan de andere kant leveren kleine haplotypes weer te weinig onderscheidend vermogen in vergelijking met stukken dna die toevallig van eenzelfde voorouder afkomstig zijn. Maar als je geen familiestamboom kunt reconstrueren en je hebt maar een paar individuen, dan is het een praktische methode.’

Hodgkin

Vorig jaar toonde Te Meerman samen met collega’s in The Lancet een verband aan tussen mutaties in HLA-genen en vatbaarheid voor een vorm van kanker, de ziekte van Hodgkin die samenhangt met het Epstein Barr-virus. Uit een haplotype- analyse bleek dat sommige haplotypen meer voorkomen bij mensen met een bepaalde vorm van de ziekte van Hodgkin. Expressieonderzoek laat vervolgens zien dat op die haplotypen waarschijnlijk genen liggen die bij de immuniteit tegen virussen betrokken zijn.

‘Het is lastig om te komen tot een causale relatie tussen een SNP en een complexe ziekte’, vindt Te Meerman. Zo bestaat er een SNP die bij Europeanen geassocieerd is met een verhoogd risico op diabetes type I, maar dezelfde SNP beschermt Afrikanen juist tegen de aandoening. Dat komt waarschijnlijk omdat er meerdere mutaties zijn die diabetes helpen veroorzaken. Bij de Europeanen zijn de mutaties opgetreden bij het ene allel, bijvoorbeeld dat van moeder; bij de Afrikanen juist bij het andere allel, van vader. Dezelfde SNP vertegenwoordigt in beide gevallen bijvoorbeeld het allel van moeder, maar bij Europeanen is dat het ‘ziekmakende’ allel, bij Afrikanen juist de beschermende versie.

Het vinden van genen die ziekten veroorzaken, zal sowieso steeds moeilijker worden, zegt Te Meerman. ‘Vooral bij zeldzame ziekten zijn het een of enkele mutaties die de afwijking veroorzaken. Dat raakt een keer op. De volksziekten, zoals kanker, hart- en vaatziekten, en psychiatrische aandoeningen, kennen slechts een zwakke genetische component.’

Dit artikel is een publicatie van Bionieuws.
© Bionieuws, alle rechten voorbehouden
Dit artikel publiceerde NEMO Kennislink op 12 september 2007

Discussieer mee

0

Vragen, opmerkingen of bijdragen over dit artikel of het onderwerp? Neem deel aan de discussie.

NEMO Kennislink nieuwsbrief
Ontvang elke week onze nieuwsbrief met het laatste nieuws uit de wetenschap.