Binnen de veehouderij komen verschillende soorten resistente bacteriën voor, zoals ESBL-producerende E. coli en resistente Salmonella-bacteriën. Door direct contact, via het besmette milieu of door het eten van besmette producten, zoals vlees en groenten, kunnen deze resistente bacteriën worden overgedragen van dier op mens.
Veehouders, medewerkers en familieleden op veehouderijbedrijven lopen via direct contact met de dieren het meeste risico. Ook dierenartsen, slachthuismedewerkers en andere mensen die beroepsmatig contact hebben met de dieren hebben een verhoogd risico op dragerschap van resistente bacteriën, zoals vee-gerelateerde MRSA. Bij gezonde mensen leidt dit dragerschap meestal niet tot ziekte. Om verspreiding van vee-gerelateerde MRSA in ziekenhuizen te voorkomen, worden mensen die intensief contact hebben met varkens, vleeskalveren en vleeskuikens en ook hun familieleden, bij ziekenhuisopname onderzocht op MRSA en in isolatie verpleegd totdat MRSA-dragerschap is uitgesloten. Ook voor ESBL-producerende bacteriën is een verhoogd risico op dragerschap gevonden voor varkenshouders van besmette bedrijven, vleeskuikenhouders en hun familieleden.

Via het uitrijden van mest, het schoonmaken van stallen en uitstoot via de lucht komen resistente bacteriën in de omgeving terecht. Zo zijn in oppervlaktewater, in de lucht en in de grond rondom boerderijen resistente bacteriën aangetroffen. Over het algemeen gaat het slechts om lage aantallen. In hoeverre omwonenden van veehouderijen hieraan worden blootgesteld en of dit ook volksgezondheidsrisico’s met zich meebrengt, is nog onbekend. Daarom wordt dit voor MRSA en ESBL-producerende bacteriën verder onderzocht in het project Veehouderij en Gezondheid Omwonenden door het RIVM in samenwerking met het onderzoeksinstituut IRAS, Wageningen UR en onderzoeksinstituut van de gezondheidszorg NIVEL.
De risico’s met betrekking tot het eten van besmet voedsel verschillen sterk per soort resistente bacterie. De aanwezigheid van resistente bacteriën op voedsel betekent niet direct dat dit ook tot een verhoogd risico op dragerschap of ziekte bij mensen leidt. Zo wordt voor vee-gerelateerde MRSA het eten van besmet voedsel als een verwaarloosbaar risico gezien. Voor andere soorten resistente bacteriën, zoals bijvoorbeeld voor ESBL-producerende bacteriën, is dit nog onduidelijk. Het RIVM onderzoekt op dit moment of mensen die vlees eten een grotere kans hebben op dragerschap van ESBL-producerende bacteriën dan vegetariërs.