Je leest:

Junk-DNA codeert tóch

Junk-DNA codeert tóch

Auteur: | 1 november 2004

Het begint saai te worden: opnieuw blijkt dat RNA in de cel de touwtjes in handen heeft.

‘Als je ’s avonds je huissleutel kwijt bent, begin je met zoeken onder lantaarnpalen, daar is de kans het grootst dat je hem vindt. Met het genoom is het net zo, men begon met zoeken in de coderende regio’s. Wij hebben nu gekeken naar de niet-coderende regio’s, en dan blijken er heel wat sleutels tussen de lantaarnpalen te liggen.’

Het citaat is van prof.dr. Harmen Bussemaker, bioinformaticus aan de Columbia University in New York. Samen met moleculair biologen van het Amerikaanse Yale en bioinformatici van het AMC, maakte hij een genexpressiemap van het genoom van de fruitvlieg (Science, 22 oktober).

Tot nog toe keken genoomspeurders vooral naar de expressie van het DNA waarvan de basenpaarvolgorde voorspelde dat het werd afgelezen – dat is ondermeer te zien aan startcodons en splicing-sites. De Amerikaanse en Nederlandse onderzoekers hebben nu structureel de niet-coderende regio’s bestudeerd – buiten de lantaarnpalen dus. Ze maakten probes voor elke 1000 baseparen in het genoom, zetten die op een micro-array (DNA-chip) en keken vervolgens aan welke probe het RNA uit fruitvliegcellen bindt.

‘Voor het niet-coderende deel beschikten we over 90.000 probes. Wat bleek: maar liefst veertig procent van die 90.000 kwam toch tot expressie! Waarschijnlijk zijn dit kleine stukjes RNA, microRNA of miRNA, die niet coderen voor een eiwit, maar wel de expressie van andere genen beïnvloeden.’

De concentratie van deze aanstuur-RNA’s bleek niet hoog, maar dat hoeft ook niet: ze spelen een regulerende rol. Op dit moment zijn nog maar tientallen miRNA’s bekend voor mens, fruitvlieg, het C. elegans-wormpje, en de zandraket (waar de stukjes siRNA worden genoemd – over de nomenclatuur bestaat nog geen overeenstemming).

Elegant is de vervolgstudie. De onderzoekers vonden nog twee aanwijzingen dat het voorheen niet-coderende deel van het DNA van belang is. De concentratie van het aanstuur-RNA varieert tijdens de ontwikkeling van de fruitvlieg. De bioinformatici keken naar de RNA-profielen tijdens metamorfose, in larvale en adulte stadia van Drosophila melanogaster. Vijftien procent van die “niet-coderende delen” komt differentieel tot expressie: een indicatie dat het een functie heeft in de ontwikkeling.

Aanwijzing twee komt van de genomische vergelijking tussen Drosophila melanogaster en Drosophila pseudoobscura. Zoals verwacht lijken de coderende delen bij beide vliegen veel op elkaar. Logisch: op coderend DNA rust een grotere evolutionaire druk dan op junk-DNA. Maar de delen van het “junk-DNA” waarvan nu blijkt dat het codeert voor miRNA, blijken ook beter geconserveerd dan overig junk-DNA. Bussemaker: ‘Een extra hint dat RNA verantwoordelijk is voor een verborgen genetisch programma.’

Dit artikel is een publicatie van Bionieuws.
© Bionieuws, alle rechten voorbehouden
Dit artikel publiceerde NEMO Kennislink op 01 november 2004

Discussieer mee

0

Vragen, opmerkingen of bijdragen over dit artikel of het onderwerp? Neem deel aan de discussie.

NEMO Kennislink nieuwsbrief
Ontvang elke week onze nieuwsbrief met het laatste nieuws uit de wetenschap.