Omdat moskeeën tot de belangrijkste uiterlijke manifestaties van de islam behoren, zijn ze ook regelmatig onderwerp van debat. Dat kan gaan om het uiterlijk van de moskee, zoals in de discussie over de bouw van de grote Essalammoskee in Rotterdam, die voor sommige mensen de verschillen tussen culturen te veel accentueert en de islam een te dominante plaats geeft in het aangezicht van de stad.
Andere discussies gaan bijvoorbeeld over mogelijke parkeerproblemen of de oproep tot gebed. Deze oproep is in principe toegestaan aangezien deze is gelijkgesteld aan het luiden van de klokken door kerken voorafgaand aan de kerkdienst. De meeste moskeeën doen dit echter niet of alleen op vrijdagmiddag. De Ar-Rahmanmoskee in Hoofddorp heeft het plan opgevat om gelovigen door middel van lichtsignalen op te roepen tot het gebed.
De Mevlana moskee in Rotterdam is de grootste moskee in Nederland.
Een ander item in het debat over moskeeën is de rol die zij zouden spelen in de radicalisering van jongeren en in het bijzonder het rekruteren van jongeren voor de jihad. Voorbeelden van moskeeën die genoemd worden zijn de Tawheed-moskee in Amsterdam en de Al Fourqaan moskee in Eindhoven. Overigens geeft de AIVD aan dat rekrutering voor de jihad op haar retour is.
De discussie gaat ook over de mogelijkheid van de overheid om sociaal-culturele activiteiten in moskeeën te subsidiëren. Het gaat daarbij om de vraag of de scheiding tussen kerk en staat dit toelaat. Tegelijkertijd is er een roep om een actievere rol van moskeeën om marginalisering en radicalisering van jongeren te voorkomen en om vrouwen meer bij de activiteiten te betrekken.
Wanneer het gaat om activiteiten die marginalisering en radicalisering moeten voorkomen, lijkt de discussie op die over de rol van de imams. Het is nog maar de vraag of moskeeën dat kunnen, omdat jongeren zich vaak niet thuis voelen in, wat zij zien als, organisaties voor eerste generatie mannen. Het verwijt dat deze moskeeën vrouwen achterstelden is waarschijnlijk deels terecht, maar ook deels veroorzaakt doordat vrouwen zich over het algemeen in meer informele verbanden (en derhalve minder zichtbaar) organiseerden. Dit laatste lijkt overigens enigszins af te nemen.
Sommige moskeeën hebben speciale activiteiten voor vrouwen.
Zeker de Milli Görüs-moskeeën hebben vaak activiteiten voor vrouwen en eigen vrouwenorganisaties en ook bij Marokkaanse moskeeën worden activiteiten voor vrouwen steeds zichtbaarder. De Turkse Ihlas-moskee in Geleen heeft Leyla Cakir als vrouwelijke voorzitter en we zien bij projecten als die van moskee Nour in Gouda en diverse projecten van Milli Görüs dat, wanneer een moskee erin slaagt een goed project op te zetten, zij veel jongeren (jongens en meisjes) een eigen plek kan bieden.
De houding van lokale overheden ten opzichte van dergelijke projecten varieert echter. Sommige overheden hebben geen problemen met het subsidiëren ervan, andere wel. Bij een samenwerking tussen een moskee en algemene instellingen kan de informelere werkwijze van een moskee botsen met de formelere en bureaucratische werkwijze van algemene instellingen.